水晶需要定期消磁，淨化後就能夠強化正面能量。水晶同人不一樣，不會分辨什麼磁場是該吸收的，水晶的能量會跟著環境起變化。因此水晶需要定期消磁，把水晶初始化。一般消磁一次可維持 1-3 個月。
常見的消磁方法有7種：
1. 陽光消磁法
將晶石放到可陽光直接照射的位置，例如窗邊，露台，天台等。照射時間大概30分鐘至1小時。但請注意避免太強烈的陽光，因有些水晶不太適合強烈陽光例如紫水晶、茶晶、綠寶石、粉晶等等，有機會經過日光照射使顏色變淺，變的不好看。但溫和的陽光就可以用在任何水晶。
2. 清水消磁法
將晶石放在水龍頭下沖洗約10分鐘（選擇天然山泉水/礦泉水/蒸餾水替代便佳），沖洗後抹乾，再放置於露天地方，讓大自然元素 為它充電，但請注意有色水晶不宜曬太陽太久。還有僅記屬黃鐵礦或藍銅礦等晶石，不適宜用清洗方法，因這類別晶石含有鐵與銅的成份，不能被水沖洗。
3. 香熏消磁法
於室內燃起擅香或沉香等香熏料，然後將晶石放於香料燃出來的煙熏上，有淨化晶石磁場的作用。此方法是所有消磁法中最方便的，也最有效率。注意燃點香熏時，請小心火種，以免引起火警。
4. 海鹽浸洗消磁法
選擇純天然的粗海鹽或御守鹽，注意不能使用食用鹽。海鹽隨著大海海浪，長期有太陽照射，經過結晶過程保留了純淨的天然能量，因此海鹽被認為是富有純淨能量的結晶體，並會散發出海洋的淨化效果。而海鹽水浸法的消磁時間至少 24 小時，最長不超過三天。水的比例為1：10，或者可以以水晶的重量來算鹽與水的比例。計算海鹽的用量，只要將晶石自身重量除以 10 就是鹽的用量。泡完海鹽水後，記得再用清水沖洗。不能使用食用鹽，因為食用鹽已經被精練過了，所有的磁場能量都已被抽出，是毫無淨化作用的！
5. 晶簇、晶洞消磁法
這應該是大家最熟識的消磁法。將晶石放在晶簇上或放在晶洞內大約經過一個晚上，透過晶簇發出的能量來為晶石充電、同時又能清除水晶的雜質，即可達到消解晶石磁場的效果。越大的晶簇或晶洞效果越好，只要不佩戴晶石時就可以將晶石放進晶簇內，便可不停為晶石充電。
6. 天然水晶碎石/消磁石
把消磁石倒入乾淨的容器中；將需要消磁的水晶首飾放到消磁石上。水晶飾物平常不戴的時候放在消磁石上，或放置一個晚上，使其能量得到完全的補充，達到以晶養晶的作用。建議用白水晶效果最佳，因為白水晶屬於吸納性水晶，可以把其他佩戴者留在水晶內部的負性能量吸收掉，平衡水晶的正負能量，從而給佩戴者傳輸正能量。白水晶亦被封為「水晶之王」，所以給其他水晶消磁是最好的。
7. 海菊花消磁法
將水晶放在海菊花中心，經過24小時就可以消磁完畢。海菊花出自海底，本質上是一種清熱解毒的藥材，更是消磁工具中效果很好最簡單的一種，可終身消磁。消磁即是把凌亂的磁場線像梳頭發一樣梳理順直，所以海菊花片狀的紋理有很好的效果。